13 Kasım 1943 yılında Bozköy'de doğdu. Babası Abdülcemil ve annesi Mahfure, Stalin döneminde Sudak'ın Ayserez köyünden "Kulak", yani zengin aile çocukları oldukları gerekçesiyle Urallar'a sürüldü. II.Dünya Savaşı esnasında gizlice Kırım'a dönen aile Kırım'ın çöl bölgesindeki (Kırım'ın kuzeyde kalan ovalık bölüme verilen ad) Bozköy'e yerleşti. Ağabeyleri Hanefi ve Hasan, ablaları Şevkiye ve Vasfiye ile birlikte henüz altı aylık bir bebekken 18 Mayıs 1944'de, bütün Kırım Tatarları gibi Kırım'dan sürgün edildi. Yanlarında anneleri vardı. Babası sürgünden iki gün önce diğer Kırım Tatar erkekleri gibi muhtemel bir direnişe karşı tutuklanarak tecrit edilmişti.

Aile Özbekistan'ın Andican bölgesine sürgün edildi. Küçük kardeşi Dilara sürgünde doğdu. Çocukluğu burada bir köyde geçen Kırımoğlu, 1955 yılında Taşkent yakınlarında bir kasabaya yerleştiler. 1959 yılında Rus dilinde orta öğretimini tamamladı ve Taşkent üniversitesi Arap Dili ve Edebiyatı Bölümüne girmek için müracaat etti. Ancak "Kırım Tatarlarını, yani Sovyetlere sadık olmayan bir milletin mensuplarını bu fakülteye almıyoruz" diyerek reddedilmesi üzerine bir fabrikaya işçi olarak girdi.

1961 yılında arkadaşlarıyla birlikte "Kırım Tatar Millî Gençlik Teşkilatı"nı kurdular. Bir kaç hafta sonra teşkilatın liderleri tutuklandı, Kırımoğlu işten çıkarıldı. 1962 yılında Taşkent Ziraat Mekanizasyon ve Sulama Enstitüsü'ne yazıldı. Ama üç yıl sonra KGB'nin isteği üzerine "Milliyetçi, Komünist Parti ve Sovyet Devleti aleyhine propaganda yapmak ve  yazdığı, Kırım'da XIII-XVII. Yüzyıllarda Türk Medeniyeti adlı makalesini enstitü talebeleri arasında dağıtmakla" suçlanarak okuldan atıldı.

Enstitüden atıldıktan sonra askere çağırıldı. "Benim milletimi yok sayan, tanımayan bir devlete askerlik yapmam" diyerek Kızıl Ordu'da askerlik yapmayı reddedince tutuklandı ve 1,5 yıl hapse mahkum edildi.

1968 yılında Sovyetler Birliği'nin Çekoslavakya'yı işgalini protesto eden Moskova'daki bir grup cesur aydın arasında o da vardı. Bunun üzerine Sovyet Devleti aleyhine faaliyette bulunmak, Kırım Tatarlarının vaziyeti ve onların hakları hakkında mektuplar ve makaleler yazarak Sovyetler Birliği'nin millî siyasetini lekelemekle suçlanarak 1969 yılında yakalandı ve tutuklandı. Kırımoğlu 3 yıl hapis cezasına mahkum edildi.

Mustafa Abdülcemil Kırımoğlu 1974 yılında üçüncü defa tutuklandı ve 1 yıl müddetle Sibirya'da ağır şartlı çalışma kampına sürgün edildi.

Cezasının bitimine üç gün kala kamp arkadaşlarına ve akrabalarına yazdığı mektuplarla Sovyet Devleti'ne karşı propaganda yapmak ve iftira etmek gibi suçlamalar ile hakkında yeni bir dava açıldı. Bunun üzerine açlık grevine başladı. Açlık grevi 303 gün sürdü. Açlık grevi boyunca zorla ve darp altında beslendi. Ünlü fizikçi Andrey Saharov, General Piyotr Grigorenko gibi Sovyet aydınları ve insan hakları savunucuları onun serbest bırakılmasını talep etmeleri ve bu maksatla Birleşmiş Milletler'e, Dünya Kamuoyu'na İslam Dünyası'na, İnsan Hakları kuruluşlarına yazdıkları müracaatlar, mektuplar ile Kırımoğlu'nun adı ve Kırım Tatarlarının meselesi Dünya Kamuoyuna, bu meyanda Türkiye Kamuoyuna duyuruldu. O yıllarda Türkiye'de Mustafa Cemiloğlu olarak tanınan ve halkı tarafında verdiği mücadele dolayısıyla Kırımoğlu olarak anılan bu ünlü insan hakları savunucusunun hapishanede öldüğüne dair haberler çıkınca, Türkiye'de pek çok yürüyüşler, toplantılar, protestolar ve açlık grevleri yapılmıştı.

Sovyet Makamları onun yaptığı açlık grevine ve Dünya Kamuoyunun tepkisine aldırmadan onu Sibirya'daki Omsk şehrinde yargıladılar ve 2,5 yıl ağır şartlı çalışma kampı cezasına mahkum ettiler. Muhakemesine ne akrabalarını ne de onu savunmak üzere Omsk şehrine gelen Andrey Saharov ve eşi Yelena Bonner'i almadılar. "Halka açık" yargılamada dinleyiciler sırasını KGB ve İçişleri Bakanlığı mensupları doldurmuştu. Kırımoğlu cezasını çekmek üzere Çin sınırındaki Primoraki Çalışma Kampına gönderildi.

Ceza müddetini tamamladıktan sonra Taşkent şehrine getirildi. Şehri terketmesi, Akşam 20.00 sabah 06.00 saatleri arasında evden çıkması, halkla toplu bulunabileceği yerlere (kahvehaneler, çay salonları, tiyatro, pazar yerleri vb.) gitmesi yasaklandı ve her hafta karakola gitme mecburiyeti getirilerek açık nezaret altına alındı.

Bir yıl sonra açık nezaret şartlarını ihlâl ettiği gerekçesiyle beşinci defa tutuklandı. Taşkent'deki muhakemesine, Andrey Saharov'u, diğer arkadaşlarını ve akrabalarını almadılar. Kapalı yargılama sonucunda 4 yıl Yakutistan'daki Zıryanka Kasabasına sürgün edildi.Mektup arkadaşlığı yaptığı  Kırım Tatar kızı Safinar ile Ziryanka’da evlendi ve oğlu Hayser sürgünde Ziryanka’da doğdu. Yakutistan'dan döndükten sonra, ailesiyle birlikte yerleşmek maksadıyla Kırım'a geldi. Üç gün sonra cebren Özbekistan'a götürüldü. Yangiyul kasabasında yaşamaya başladı.

1983 yılı kasım ayında altıncı defa tutuklandı. Taşkent'deki yargılama sonucunda üç yıl ağır şartlı çalışma kampına gönderildi. Artık geleneksel olan öncekilerle benzer suçlamalarla, yani Sovyet Devleti'nin iç ve dış siyasetine iftira etmek, antisovyet olmak, Kızılordu'nun Afganistan'ı işgalini kınayan bir bildiriyi, Andrey Saharov ve bir kaç aydınla birlikte neşretmekle suçlandı. Ayrıca 1983 yılında Krasnodar bölgesinde vefat eden babasının naaşını yasak olmasına rağmen Kırım'a gömmeye teşebbüs etmek; bu esnada polisle ve askerle çıkan çatışmalara önderlik etmek gibi ek suçları vardı.

Magadan şehri yakınlarındaki kampta ceza müddetinin tamamlanmasına az bir zaman kala Kırımoğlu aleyhine yeni bir dava açıldı. 1986 yılı sonunda Magadan'da yargılandı ve üç yıl hapse mahkum edildi. Ancak yargılandığı haberinin alınmasıyla, Türkiye'de ve ABD'inde serbest bırakılmasına yönelik başlatılan yoğun kampanyalar ve İzlanda’da Reykjavik şehrinde yapılan tarihi Gorbaçov-Reagan zirvesinde, Reagan'ın ön şart olarak aralarında Kırımoğlu'nun da bulunduğu hapisteki 5 insan hakları savunucusunun serbest bırakılmasını talep etmesi sonucunda şartlı olarak serbest bırakıldı. Siyasî  faaliyetlerde bulunduğu takdirde, 3 yıllık hapis cezasını tamamlamak üzere tutuklanacaktı.

Kırımoğlu hapisten çıkınca, Kırım Tatar Millî Hareketi'nin Teşebbüs grupları mensuplarıyla görüşerek milli faaliyetlerini sürdürdü. Arkadaşlarıyla birlikte, 1987 yılında Kızıl Meydan'da Sovyet tarihinde benzeri hiç görülmemiş Kırım Tatar gösterilerini organize etti. Bu gösteriler, gerek Sovyetler Birliği'nde gerekse Hür Dünya'da büyük yankı yarattı ve dikkatleri Kırım Tatar meselesine çevirdi. Kırım Türklerine Kırım'ın yolunu açtı.

Kırımoğlu 1989 yılı Mayıs ayında Taşkent'te toplanan Kırım Tatar Millî Hareketi Teşebbüs Grupları Genel toplantısında kurulan Kırım Tatar Millî Hareketi Teşkilâtı başkanlığına seçildi. Bu teşkilâtın öncülüğünde 1991 yılında, SSCB'nin Kırım Tatarlarının yaşadığı her yerinde yaptıkları demokratik seçimler sonucunda II.Kırım Tatar Millî Kurultayı 26 Haziran 1991'de Akmescit'de toplandı. Bu Kurultay'ın seçtiği ve Kırım Türklerini temsile yetkili en üst organ olan Kırım Tatar Millî Meclisi Başkanlığına seçildi. Daha sonraki yenilenen seçimlerde de Kırım Tatar halkının tercihi ve teveccühü ile Millî Meclis Başkanlığı görevini sürdürmektedir.

29 Mart 1998 yılında yapılan seçimler ile Ukrayna Parlamentosu’nda Kırım Türklerini temsil eden milletvekili oldu ve yenilen seçimler ile de Ukrayna Parlamentosunda milletvekilliği devam etmektedir.

Ekim 1998 yılında, Halkını sürgünden barışçı yollarla ve olağanüstü bir mücadeleyle Vatanlarına döndürmeyi başardığı için Birleşmiş Milletler Mülteciler ve Kaçaklar Yüksek Komiserliği tarafından Nansen Madalyası ile ödüllendirildi.

2003 yılında KTMM başkanı ve Ukrayna milletvekili Mustafa Abdulcemil Kırımoğlu bakanlar kurulu kararıyla insan hakları mücadelesi, milletler arası ilişkilerin geliştirilmesine katkısı nedeniyle şeref diplomasına layık görüldü.

Yine 2003 yılında Uluslararası ilişkilerin gelişmesine ve devletin kalkınmasına şahsen sağladığı katkılardan dolayı 60. yaş günü kutlamaları vesilesiyle Ukrayna cumhurbaşkanlığı tarafından verilen Yaroslav Mudrıy nişanına layık görüldü.

Kırım Tatar milleti ve Kırım Tatar Milli Meclisi 5 Nisan 2006 akşamı Hilton Oteli'nde yapılan bir törenle Dünya Demokrasi Hareketi'nin "demokrasi ödülü"ne lâyık görüldü.

Mustafa A. Kırımoğlu halkını temsilen ödülü aldı.

Kırımoğlu bir grup batılı aydın ve bilim adamı tarafından 2011 Nobel Barış Ödülüne de aday gösterildi.

Kırım Tatarlarının çeşitli öncelikleri arasında okul ihtiyacı başta gelmektedir. 14 adet ilköğretim okulu Tatar toplumunun okul ihtiyacının yüzde 10’unu karşılamaktadır. Camii ve ibadethanelerin yeterli sayıda olmaması, Türkiye’den gönderilen din adamlarının sayısının az oluşu bu alanda boşluklar yaratmaktadır.